Ist es normal, wenn sich Einstellungsfenster gegenseitig überlagern?

ja, wenn möglich bitte in die empfohlene Mindestauflösung schalten: 1280x768 Pixel. Drunter gehts zwar auch, aber da die Fenster wegen der Textgröße nicht kleiner skaliert werden können, ist es halt nur mit Überlagerung möglich. Das vordere Fenster kannst Du per Mausklick in dessen Kopfzeile nach Bedarf verschieben.

Um in solchen Fälle möglichst wenig Platz zu verschenken, haben die Eingabefenster ein platzsparendes Design.